La primera referencia escrita a Lezo, según el historiador Pablo Gorosabel, es de cuando se fundó Hondarribia, en 1203. En el documento de privilegios de Hondarribia se mencionan sus límites y la descripción finaliza así:
Item dono vobis Guillelmum de Lazon et socios suos, ut sint vestri vicini.
Eso significa que se dio Hondarribia a un tal Guillermo de Lazon y a sus socios para que vivieran ahí. Dado que en ese documento no se menciona Lezo, y como hace tiempo que Lezo estaba bajo el dominio de Hondarribia, se interpreta que desde la fundación de ésa, en 1203, Lezo ya pertenecía a Hondarribia. Según el cronista Serapio Múgica, la tradición dice que Lazón era el dueño de la casa solariega Lezoaundia, y que ésa le dio el nombre a Lezo.
El significado de la palabra Lezo es desconocido. A menudo se ha relacionado con la palabra leize en euskera (sima o caverna). Sin embargo, se dice que también puede ser un apellido traído por los gascones.
La Edad Antigua
La situación estratégica de Lezo en la bahía permite apuntar la hipótesis de la existencia de un puerto romano en su término, al abrigo del promontorio sobre el que está ubicada la iglesia parroquial.
Por su lado, la población autóctona del entorno mantuvo una economía pastoril de tipo trashumante, trasladándose estacionalmente de los pastos de Jaizkibel a los sistemas montañosos del interior.
La Edad Media
Los primeros indicios de un núcleo de población estable en el término de Lezo se remontan al s. X, época en la que el valle del río Oiartzun se hallaba bajo la órbita del reino de navarra.
Aquel momento histórico estuvo marcado por una inseguridad generalizada, acentuada en nuestro caso por las incursiones de saqueo de piratas normandos.
Sin embargo, ya en el s. XIII, tras la incorporación de Gipuzkoa al reino de Castilla, Lezo era un pequeño casco urbano convertido en hito del ramal costero del Camino de Santiago y con una población cada vez más interesada en las actividades marítimas.
La Edad Moderna
Durante el s. XVI y parte del XVII, época de una prosperidad relativa, las actividades marítimas experimentaron en Lezo un desarrollo enorme con respecto a las rurales. Influyó en ello la importancia estratégica del puerto de Pasajes, y los privilegios marítimos que tuvieron los naturales en materia de carga y descarga de mercancías.
Sin embargo, a partir de la crisis del s. XVII la economía se ruralizó paulatinamente, hasta tal punto que ya para finales del s. XVIII, la pesca de bajura se convirtió en la única actividad marítima de importancia para la economía de Lezo. El campo, por contra, se vio enriquecido en cierta medida por el empleo de nuevas técnicas y la introducción de cultivos exóticos, tales como el maíz y la patata.
- El pueblo
El casco urbano de Lezo estuvo constituido por las primitivas calles Mayor y San Juan que confluían en la plaza del Santo Cristo, por algunos edificios próximos a la iglesia parroquial tales como el Palacio y la casa de Lezoaundia y por el barrio de Vizcaya. En las casas abundaron las huertas, los lagares y las pocilgas. Sin embargo, quienes vivían en Lezo se emplearon principalmente en la pesca de bajura, la pesca de ballena y bacalao, el comercio con Andalucía y América, el corso, las armadas reales y la construcción naval. Es interesante constatar que, entre 1641 y 1750, más del 18% de la población registrada en los libros parroquiales de finados murió en la mar o fuera del País Vasco.
En el espacio rural la casería fue el núcleo básico de producción. En ella las principales actividades se centraron en el cultivo de trigo, maíz y hortalizas, la producción de sidra, y el pastoreo de vacas, ovejas y cerdos.
Asimismo, la situación de Lezo en el puerto de Pasaia permitió la existencia de al menos dos embarcaderos y unos astilleros. El principal embarcadero, el Cai de Lezo, contó con numerosos accesos desde las calles Mayor y San Juan; y sirvió de refugio para las lanchas de pesca, y los barcos de pequeño y mediano calado. Otro, el embarcadero de Portua, ubicado en la ensenada de Becoerrota, fue uno de los lugares donde las barqueras aguardaban a pasajeros/as que deseaban trasladarse a Herrera u otro punto de la bahía.
Los Astilleros Reales de Lezo, que a partir del s. XVIII se denominaron astilleros de Bordalaborda estuvieron ubicados en la ensenada de Port de la Borda, en el barrio de Vizcaya, y en ellos se emplearon muchos carpinteros y calafates de Lezo. Fueron de los más importantes del imperio español. Su edificación comenzó en el año 1597, siendo superintendente el general Antonio de Urquiola, y tenedor de materiales y pertrechos Onofre de Isasti menor. Anejo a las instalaciones existió una gran cordelería y una ermita bajo la advocación de María Magdalena.
- El concejo
Lezo con la denominación de Universidad estuvo bajo jurisdicción de Fuenterrabía desde 1203 hasta el primer tercio del s. XIX, cuando con el establecimiento del ayuntamiento constitucional se convirtió en municipio independiente. Anteriormente, intentó sin éxito la segregación en dos ocasiones, en 1615 ante el Consejo de Castilla, siempre asociado con Irún y Pasajes de San Juan.
La Edad Contemporánea
Desde finales del s. XVIII hasta el año 1876 Lezo vivió, al igual que el resto de la provincia, un período de guerras y penuria generalizada. Sin embargo, antes de acabar el s. XIX comenzó la industrialización y el consiguiente proceso de modernización. Durante el s. XX el desarrollo industrial originó un importante aumento demográfico.
- La industrialización
Tras la guerra de la Independencia, la pesca de bajura continuó teniendo gran importancia en la economía de Lezo, a pesar de los naufragios de 1816 y 1817, en que se perdieron dos lanchas y murieron 16 pescadores. Sin embargo, el impacto socio-económico de la industrialización provocó su desaparición, y la pérdida del papel preponderante de la actividades rurales.
Los comienzos del desarrollo industrial de Lezo datan del s. XIX. Así, si bien en 1857 únicamente existían ocho telares de hilo dependientes de la Sociedad de Tejidos de Lino de Rentería, que empleaban a una persona cada uno, para finales de siglo se establecieron varias empresas. En 1901 existían tres: la fábrica de teja y ladrillo La Ocasión, con 34 obreros; la Sociedad Anónima Española de Productos Tártricos, con 30 obreros; y la fábrica de tejidos y tapices Ustekabekoa, con 6 obreros. Asimismo, muchos moradores de Lezo se emplearon en las fábricas de Rentería.
Antes de 1923 se establecieron nuevas empresas, tales como la fábrica de levadura Unión Alcoholera Española, la fábrica de galletas Unión Comercial Pakers, la fábrica de barnices y secantes Guittet y Cía., la Fábrica Española de Papeles Químicos S.L. y los talleres de tonelería Castellanos y Cía.
A partir de 1950, durante la dictadura de Franco, el crecimiento industrial se aceleró, generando una fuerte inmigración de signo regional y estatal. Debido a la expansión urbana consiguiente, fueron edificadas nuevas calles y barrios, desapareciendo numerosas caserías.